环境污染问题

大量使用化肥不仅破坏土壤结构，导致水土流失严重，而且是造成地下水、土壤硝酸盐含量增加的主要原因；农药、除草剂的使用，使得果园生物大量减少，生态平衡受到破坏。这样的环境不可能进行水果的有机生产。

土壤健康与活力的问题

必须大幅度提高土壤有机质含量，培育充满生命活力的土壤，防止土壤板结，减少水土流失，才能为水果有机生产创造良好的土壤条件。

病虫害防治问题

应充分发挥果园生态系统内自然调节机制及果农健康栽培方式的作用，减少或禁止化学农药的使用，为水果有机生产提供强有力的技术保证。健康栽培主要是指通过选用抗性品种、培肥土壤、合理轮作、科学的肥水管理，使果树生长健壮，有效抵抗病虫危害。

水果质量下降问题

化学肥料的大量使用导致水果质量严重下降已是不争的事实，高农药残留、高硝酸盐含量等，更是对人类健康构成最直接的威胁。（果抗）