在8月~10月，石榴旺树往往会萌发许多二次和三次新梢，从而使树冠枝条密集，造成通风透光不良，并引起果实增大缓慢、着色不良，也使内膛叶丛枝和短枝难以形成花芽。具体修剪方法：

1.疏枝：疏枝与夏剪要求相同，继续疏去密生、徒长、萌蘖和有病虫的枝条，使树冠保持“三稀三密”状态。保证石榴果实直接见光，并使内膛叶丛枝及短枝见光充足，形成花芽。

2.采后及落叶前进行根系修剪：在10月中旬至11月份石榴果实采收后，叶片制造的光合产物，将全部输送到分化中的花芽和叶芽，也输送到各级枝干和根系。通过对石榴根系的修剪一是促进花芽分化，保证翌年产量；促进根系生长，发出大量新根，而新根是吸收养分水分最强的部位，产生细胞分裂，促进地上花芽形成的活性物质的主要部位；在枝干和根系中，贮存大量光合产物，以备越冬芽的分化和发育，并转化成可溶性糖类，以提高石榴的越冬抗寒和抗旱能力。

石榴根系修剪，是结合秋季深耕和施基肥，将地表浅层根系切断，促进切口发生新根的过程。为培养优良品种的根蘖苗，也可在深耕前，将其挖出并移栽至苗圃，培养成标准化苗木。