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西北农林科技大学奶羊产业技术创新团队开发液相芯片育种新技术助力奶山羊品种培育

2023-11-09 18:32:42    安小鹏

我国奶山羊养殖业存在系谱混乱,近交衰退,乳房形状差、产奶量低等产业化发展的难题,而优质的萨能奶山羊原种群及核心育种技术一直被国外奶山羊育种公司垄断,我国无法进口。

为了破解奶山羊产业高质量发展缺乏良种的“卡脖子”问题,西北农林科技大学奶羊产业技术创新团队依托国家“948”项目、陕西省重点研发计划、陕西省奶羊产业技术体系、陕西省奶山羊养殖工程技术研究中心,采用级进杂交与功能基因选择相结合的现代分子育种新技术,培育适用集约化生产的优质高产奶山羊新品种,支撑我国奶山羊产业高质量发展。

在奶羊体系首席专家,团队负责人曹斌云教授的规划下,芯片技术负责人安小鹏研究员与北京康普森农业科技有限公司联合开发了适合国内外奶山羊品种的中低密度育种芯片—“奶山羊20K育种液相芯片和5K选育液相芯片”。该芯片利用康普森CAGT®靶向捕获测序技术,实现基因组目标区域高效、精准、灵活、低成本定制基因芯片。适用于奶山羊品种血统鉴别、品种保护、亲子鉴定以及组建奶山羊功能标记数据库进行分子标记辅助育种和全基因组选择育种,为奶山羊品种选育工作提供有力的技术支撑和指导依据。

奶山羊20K  5K

奶山羊 20K 育种液相芯片 —— 奶山羊 5K 选育液相芯片

奶山羊20K育种液相芯片

奶山羊20K育种液相芯片位点来源于3个奶山羊品种的测序数据,从中筛选出个体间多态的位点,结合前期研究中已经鉴定的重要经济性状关键候选基因标记,共计20000个位点,具有填充位点分布均匀、功能位点丰富、检测成本低等优势。

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“奶山羊20K育种液相芯片”特点及优势

1.变异信息丰富

芯片位点来源于奶山羊样本的测序数据,从中筛选获得20000个在29条染色体上分布均匀的SNP,并且保留的SNP为高频变异。

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图1 SNP染色体密度分布图

2.功能位点丰富

奶山羊20K育种液相芯片涵盖了山羊产奶、奶品质、乳房形态相关以及生长、繁殖相关性状的5963个功能位点,促进对应性状育种进展。

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奶山羊5K选育液相芯片

5K选育液相芯片是在20k芯片的基础上开发的5k低密度功能芯片,融合了经选择信号和GWAS分析鉴定到的2632个与奶山羊重要经济性状显著关联的功能SNP位点,涵盖了产奶量、乳蛋白量、乳脂率、乳房形状、繁殖、毛色等功能位点,这些位点的加入将促进对应性状育种进展。

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“奶山羊5K选育液相芯片”特点及优势

1.产奶相关位点丰富-是育种的得力助手

该芯片包含了多个与重要性状相关的功能位点,结合奶羊团队多年来数据积累,对奶山羊核心育种群体进行GWAS分析,筛选到产奶量、乳蛋白量、乳脂量、产羔数、乳房形态、毛色等多个性状功能基因和位点,可用于分子标记辅助育种,在羊羔时期进行早期选留和淘汰。

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图3 产奶性状曼哈顿图

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图4 产羔性状曼哈顿图

2.检测成本低,性价比高

基于国产化设计、检测和分析流程,大大降低分型成本,采用自动化检测流程,提升检测通量和稳定性。

3.灵活性高

基于探针杂交靶向捕获测序技术,可以根据需求增加标记位点,升级芯片及扩展应用场景灵活。

“奶山羊5K选育液相芯片”数据表现

SNP密度图

图5 芯片位点在染色体上的分布图

MAF分布

图6 芯片位点MAF分布

功能位点分布

图7 位点注释情况

图8样本检出率分布图

不同样本中平均测序深度5x以上的样本检出率达到了99.79%。

图9 重复样本分型一致性

通过对3组重复样本进行分型,显示平均一致率达99.72%。

产品应用方向

奶山羊全基因组选择育种

奶山羊新品种培育

奶山羊群体家系构建及系谱梳理

奶山羊保种分析

奶山羊亲子鉴定

研究团队介绍

西北农林科技大学奶羊产业技术创新团队,负责人:曹斌云,成员:宋宇轩,安小鹏,李广,张磊,袁昊。团队主要致力于奶羊遗传繁育、精准营养等方面的研究,主持国家和省部级科研项目30项,获批省部级科技成果奖12项,在国内外发表学术论文200多篇,授权国家发明专利16件。

北京康普森农业科技有限公司

为北京康普森生物技术有限公司的全资子公司,是一家专注于分子育种服务的国家高新技术企业,致力于利用基因科技和大数据赋能中国种业,为客户提供引种、育种、保种等多角度、全方位的种质资源优化解决方案。公司主要服务内容为个性化育种方案和选配策略制定,全基因组选择育种、品种鉴定、亲缘关系鉴定、功能基因检测、群体结构评估、地方遗传资源品种保护、地理标识产品开发等。

编辑:胡润田
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