甜瓜是一种重要的园艺经济作物，其多样性丰富。但长期的人工选育致使一些相关性状基因丢失，栽培品种的遗传多样性显著少于野生种，在一定程度上限制了对甜瓜抗性基因及优质性状的发掘。

甜瓜“821”是来自印度的半野生种，对甜瓜新德里花叶病毒（ToLCNDV）等多种病害具有抗性。近日，中国农业科学院郑州果树研究所甜瓜遗传育种与栽培团队联合国内有关科研院校对半野生型甜瓜“821”进行了高质量T2T基因组组装，为揭示甜瓜抗性相关基因和品质改良提供了重要遗传资源。相关研究成果发表在《园艺研究（Horticultural Research）》上。

该研究首先完成了其单倍型T2T基因组的组装，通过基因组比较发现，在11号染色体存在基因拷贝数的变异，其中2个自噬基因与新德里病毒抗性显著相关。

半野生型甜瓜821表型、Hi-C图谱和基因组景观图

此外，通过全基因组关联分析，发现1个与果实成熟相关的显著信号，并鉴定出候选基因CmABA2，其编码一个细胞质短链脱氢酶，参与脱落酸的生物合成。该研究提供了高质量的半野生甜瓜基因组，为甜瓜抗性基因的挖掘和品质改良提供了遗传资源。

该研究得到中国农业科学院科技创新工程、国家现代农业产业技术体系、海南省重点研发计划等项目支持。